Tomoya Okazaki é um estudante do terceiro ano do ensino médio, taxado como delinqüente. Nada parece mudar em sua vida escolar até ele conhecer Nagisa, e Tomoya descobre que sua vida está prestes a mudar. Ele começa a ter sonhos de um mundo desolado e conhece uma garota que tem a habiliade de fundir lixo e criar outras coisas, e fazendo isso, ela cria um corpo feito de lixo para ele. Ele então renasce neste mundo vazio e segue a garota, sendo os dois os únicos realmente "vivos".
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